Em 1205, São Francisco fez uma viagem à Roma, onde visitou o túmulo do apóstolo São Pedro e pela primeira vez, São Francisco teve a experiência de viver na pobreza trocando suas roupas com um mendigo que encontrou na rua.
Voltando à Assis ele se entregou ainda mais ao silêncio e à oração; todos ficavam indignados com o seu jeito, ainda mais seu pai que não se conformava, pois não era aquela vida que tinha sonhado para seu filho, e assim Francisco era forçado a trabalhar no comercio do seu pai.
Em 1206, durante um passeio a cavalo nas campinas de Assis, ele viu um leproso, pessoa pela qual São Francisco sentia nojo e horror. Como que movido por uma força superior ele desceu do cavalo, colocou um dinheiro nas mãos do leproso e deu-lhe um beijo no rosto. Acredita-se que o que deu forças para fazer este gesto é a recordação desta frase do evangelho que diz: “Tudo o que fizerdes ao menor de meus irmãos, é a mim que o fazeis” (Mt 10,42). Mais tarde refletindo sobre este gesto São Francisco disse: “O que antes me era amargo, mudou-se então em doçura da alma e do corpo. A partir desse momento, pude afastar-me do mundo e entregar-me a Deus”.
São Francisco costumava orar numa velha e abandonada capela, a Igreja de São Damião; certo dia ajoelhado diante do crucifixo ele ouviu uma voz que o disse: – “Francisco, não vês que a minha casa está em ruínas? Restaura-a para mim!”.
Achando que a reforma que a voz falava era daquela capela em ruína, ele foi até o comércio do seu pai, pegou algumas mercadorias, vendeu e entregou o dinheiro para a reforma da capela. Seu pai, Pedro Bernardone, ao perceber a atitude do filho fica ainda mais furioso, já não bastava dar mercadorias e alimentos ao vagabundos, agora mais essa.
Francisco teve que se esconder da fúria do seu pai. Certo dia Francisco saiu de porta em porta na cidade de Assis, pedindo esmolas, seu pai se sentindo ainda mais envergonhado e achando que seu filho estava louco, prendeu Francisco em um cativeiro feito debaixo das escadas de sua própria casa. Uns dias depois, a mãe de Francisco movida de compaixão abriu a porta do cativeiro e deixou que seu filho ficasse livre para seguir o seu destino.
Seu pai convencido de que nada era possível fazer para mudar as atitudes de Francisco, foi até o bispo e pediu-lhe que fizesse um julgamento em praça pública. Assim foi feito, Bernardone exigiu que Francisco devolvesse tudo que tinha lhe dado até agora, e escutando isso Francisco arrancou suas roupas atirou aos pés do seu pai e devolveu também todo dinheiro que estava com ele e disse : “Até agora chamei de pai a Pedro Bernardone. Doravante não terei outro pai, senão o Pai Celeste”. O bispo então o envolveu com seu manto, e deste momento em diante, Francisco se afastou da família e passou a cuidar dos leprosos curando suas feridas e a reconstruir capelas e oratórios destruídos em volta da cidade de Assis, e todos os dias mendigava o seu sustento e convidava as pessoas a doarem pedras e trabalho para as reformas das “Casas de Deus”.
De algumas pessoas Francisco recebia o desprezo e de outros o incentivo, muitas vezes ele pensava em voltar atrás, mas era forte e seguia firme a sua escolha. Quase no fim da reforma das igrejas, a última reforma que estava terminando era a da capelinha de Santa Maria dos Anjos ele ficou pensando o que ia fazer agora, mas na verdade ele ainda não tinha entendido o chamado de Deus que dizia para reconstruir não as igrejas de pedras e sim a Igreja de Cristo enfraquecida naquela época.
Certo dia ele escutou durante uma missa o Evangelho onde Cristo instruía seus discípulos o modo de ir pelo mundo, “sem túnicas, sem bastão, sem sandálias e sem dinheiro” (Lc, 9,3). Tais palavras tocaram seu coração e assim ele percebeu o que realmente ele queria da vida. E sem demora começou a viver pregando a palavra de Deus, como seria pelo resto de sua vida e dizia para si mesmo, e mais tarde a seus companheiros: “Nossa regra de vida é viver o evangelho de Nosso Senhor Jesus Cristo”.
Francisco saiu pelos povoados vizinhos pregando o Evangelho de Cristo e vivendo de esmolas. Muitos começaram a perceber o sentido desta vida que ele propôs a viver e começaram a segui-lo. O primeiro a segui-lo foi um homem muito rico de Assis, Bernardo de Quintaval, que perguntou a Francisco o que era preciso para segui-lo. Como em todas as vezes que teve que decidir algo na vida, Francisco vai buscar a resposta no evangelho.
No dia seguinte foram à missa e pelo caminho juntou-se a eles Pedro de Catânia. Por três vezes abriram o Evangelho, e as três respostas que encontraram foram as seguintes:
“Se queres ser perfeito, vende o que tens e dá-o aos pobres. Depois vem e segue-me” (Mt 19,21).
“Não leveis nada pelo caminho, nem bastão, nem alforge, nem uma segunda túnica…” (Lc 9,3).
“Se alguém quer vir após mim, negue-se a si mesmo, tome a sua cruz cada dia e siga-me” (Mt 16,24).
“Isto é o que devemos fazer, e é o que farão todos quantos quiserem vir conosco” – exclamou Francisco, que viu brilhar uma luz sobre o caminho que ele e seus companheiros deveriam seguir. Finalmente encontrou o que por tanto tempo havia procurado! Isto aconteceu a 24 de fevereiro de 1208, dando início à fundação da Fraternidade dos Irmãos Menores.
No mesmo dia, Bernardo de Quintaval vendeu todos os seus bens e repartiu o dinheiro entre os pobres de Assis.
O primeiro sacerdote franciscano foi o sacerdote Silvestre que vendo o exemplo de Bernardo, larga tudo e segue Francisco na aventura de sair pregando o evangelho e assim a cada dia as pessoas iam sendo tocadas. Em 1210, Francisco e seus seguidores vão a Roma para que o papa Inocêncio III aprovasse o modo de vida deles, mas ele tinha medo da reação do papa ao recebê-los, pois afinal eram um bando de mendigo. Por coincidência ou providência divina, encontrava-se em Roma, nessa ocasião, o Bispo de Assis, grande admirador de Francisco. Graças a ele o Papa os recebeu.
Inocêncio III ficou maravilhado com o propósito de vida dele e reconheceu em Francisco o homem que em sonho viu segurar as colunas da Igreja de Latrão. Por isso deu a seu modo de viver o Evangelho, a aprovação oficial da Igreja. Autorizou Francisco e seus seguidores a pregar o Evangelho nas igrejas e fora delas e os despediu com sua bênção. Este fato histórico ocorreu a 16 de Abril de 1210, marcando o nascimento oficial da Ordem Franciscana.
Francisco instala-se com seus irmãos em Rivotorto, perto de Assis, num rancho abandonado, próximo de um leprosário. Esta mísera residência foi a primeira casa dos Irmãos Franciscanos. Tiveram lá uma vida difícil, assinalada por duras provas, mas eles sabiam que para ser um servo de Deus não deveria ter tristeza, desânimo ou impaciência.
São Francisco orava e trabalhava sem cessar, ajudando as crianças, as viúvas e a todos os excluídos, orava pela conversão dos pecadores, proclamava a paz, pregando a salvação e a penitência para remissão dos pecados.
Em 1212, os Beneditinos oferecem-lhe a pequena igreja de Santa Maria dos Anjos, pois eram muitos os homens que atraídos pela vida de pureza do Santo, queriam ser acolhidos na Ordem.
Trabalhavam para sobreviverem e só pediam ajuda em último caso, vestiam trajes simples, como uma túnica de lã amarrada por um cordão e sandálias. Até hoje o cordão que os Franciscanos usam amarrados na cintura possuem três nós que significam seus votos, pobreza, obediência e castidade. A sua missão consistia em praticar e pregar simplicidade e amor a Deus e a caridade cristã.
Em 1212 junta-se a Francisco Clarad’Offreducci, que seria conhecida mais tarde como Santa Clara. Ela e mais algumas mulheres que tinham o mesmo ideal fundam neste ano a Ordem das Pobres Damas, conhecida também como Ordem Segunda Franciscana ou Ordem das Clarissas destinada às mulheres que desejassem deixar o mundo, numa dedicação exclusiva à Deus, para uma vida de oração e de pobreza.
Deste ano em diante Francisco passa a realizar grandes missões pregando o evangelho em vários países. Por onde passava São Francisco estabelecia a paz, convertia os incrédulos e operava inúmeros milagres através da oração, buscava unir-se sempre mais a Deus, desejando a confraternização de todos os seres, sem distinção de raça, credo ou cor.
Ele repetia: “Todos os seres são iguais, pela sua origem, seus direitos naturais e divinos e seu objetivo final.”
Pobres e ricos, poderosos e humildes, rudes e letrados entravam em grande quantidade para a Ordem. Em 1221 funda a Ordem Terceira constituída por membros leigos, procurando criar um instrumento de concórdia e de bem estar social.
Em 1224, o Frei Elias fica sabendo em sonhos que São Francisco só terá mais dois anos de vida. Neste mesmo ano o Santo de Assis nomeia o próprio Frei Elias, como vigário, para suceder o Frei Pedro Cattani, falecido há pouco.
São Francisco junto com o Irmão Leão retira-se ao Monte Alverne já bastante doente, preparando-se para a quaresma de oração e jejum, vive em louvor a Deus passando noites e dias inteiros em oração, só um pedaço de pão e água que o irmão Leão lhe levava.
Conta-se que durante a caminhada para o monte, um pobre homem que o levava em seu jumento, lastimava-se por causa de tanta sede, São Francisco então desceu do jumento e ficou em oração e logo disse ao homem: “Corre para trás daquela pedra, ali encontrarás água viva, que neste momento Cristo com sua força, misericórdia e poder fez nascer”. No monte Alverne falou aos irmãos: “Sinto aproximar-me da morte, desejo permanecer solitário, recolher-me com Deus para lamentar meus pecados”.
O Frei Leão contava que muitas vezes viu São Francisco em êxtase adorando a Deus em visões celestiais. Em uma oportunidade viu que São Francisco falava diante de uma resplandecente chama, outra vez disse que viu o Santo extrair algo de seu peito para oferecer a Deus.
Nos estados contemplativos, eram-lhe revelados por Deus, não somente coisas do presente, mais também do futuro. Frei Leão numa hora amarga quando sofria tentações, recebeu uma preciosa benção para qualquer doença do espírito. Uma benção assinada com um simples Tau, que representa o símbolo da cruz, o amor a Cristo, também é o símbolo dos que são amados por Deus. São Francisco tinha grande veneração por este símbolo e nas suas cartas assinava com ele. Tau é a transformação, o equilíbrio, o trabalho, a conversão interior que o homem deve sofrer para unir-se às coisas superiores.
São Francisco amava tanto o Cristo crucificado que pediu ardentemente duas graças: que antes de morrer pudesse ele mesmo sentir na alma e no corpo o amor e o sofrimento da paixão. E ele alcançou as duas graças. Ele pode ver no céu, um Serafim (segundo a Angeologia, é um anjo de seis asas ) todo resplandecente de luz que se lhe aproximou e então recebeu os estigmas de Cristo, transpassando-lhe os pés e as mãos. Isto se deu em 14 de Setembro de 1224.
Em 1225 São Francisco retorna a Santa Maria dos Anjos, muito doente e quase cego, muitos foram os milagres realizados com seus estigmas. A corte papal envia-lhe médico para tratamento, mas nada resolve. Sabendo-se próximo da morte, lança uma benção sobre Assis, compõe o “Cântico ao Sol” e dita seu testamento.
Francisco morre, rodeado de seus Filhos Espirituais. Fez ler o Evangelho e na Última Ceia abençoa seus filhos espirituais presentes e futuros. Foi sepultado na Igreja de São Jorge na cidade de Assis.
Em 16 de julho de 1228 é canonizado pelo Papa Gregório IX.
Em 1230, com a construção da nova Basílica na cidade de Assis, suas relíquias foram transladadas para o altar deste templo sagrado.
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